有限的材料是航天航空和医疗保健行业深挖3D打印的主要瓶颈之一。现有聚合物通常难以满足工业要求，而金属3D打印材料仍然十分有限、价格昂贵。

3D打印硬件也是挑战之一。首先，为了满足生产需求，3D打印速度必须往上提。其次，3D打印机的可靠性和维护也不容忽视，调查显示在被调查的这些企业中，一些设备的停机时间甚至超过了25%。

在知识积累方面，企业内部对专业3D打印知识的缺乏，十分不利于3D打印技术的渗透。内部知识的缺乏、外部支持的漏洞，长期的学习曲线，员工经验不足，这些都容易导致失败。

然后，许多3D打印硬件和材料供应商缺乏对于行业特定生产需求的知识与理解。为了克服这一挑战，供应商和用户需要建立更好的沟通。

最后，监管合规性是难以规避的门槛。很多时候，3D打印相关法规和监管措施还远远跟不上技术发展。