对于生物3D打印而言，目前的核心难点包括：

一是精确控制多种细胞沉积到指定位置，以更好的模拟实际组织结构。由于生物墨水是一种典型的水凝胶类软材料，打印中的变形控制、打印后结构适宜强度的保持、细胞外基质结构的营造等都对这个制造过程提出了很大的挑战；

二是组织打印“成型”后，如何对细胞输送营养，实现初步的体外培养;器官内部所遍布的血管网络是维系器官活性的根本，也是打印的器官从mm级尺寸到cm级尺寸所必须的环节，打印时必须要构造出有效的营养输送通道网络。

三是培养过程中，如何调控培养环境使得独立的细胞个体融合成功能性组织。目前打印的组织结构，主要还是形似，神似还有较大距离。也就是说打印后细胞间如何能彼此融合，建立起cross-talking，从而具备真实器官的功能，目前还只是走了万里长征的一小步。